Τα κρίσιμα σημεία που συγκρούονται με τις συνταγματικές επιταγές, σύμφωνα με τις γνωμοδοτήσεις είναι:
- Η συμμετοχή στο Συμβούλιο Διοίκησης μελών εκτός Πανεπιστημίου.
- Η επιλογή των εξωτερικών μελών του Συμβουλίου από ολιγάριθμο εκλεκτορικό σώμα και όχι το σύνολο της διδακτικής ακαδημαϊκής κοινότητας.
- Η ιδιότητα του πρύτανη ως (εν δυνάμει) μη προερχομένου από το Ίδρυμα, τη στιγμή μάλιστα που απολαμβάνει εκτενών οικονομικών, διοικητικών και ακαδημαϊκών αρμοδιοτήτων.
- Η επιλογή του πρύτανη από ολιγάριθμο εκλεκτορικό σώμα στο οποίο συμμετέχουν και μη μέλη του Ιδρύματος, αλλά όχι με τη συμμετοχή του συνόλου της διδακτικής-ακαδημαϊκής κοινότητας.
- Η δυνατότητα ανανέωσης της θητείας του πρύτανη από το συμβούλιο χωρίς διαδικασία προκήρυξης ή εκλογής.
- Η επιλογή κοσμήτορα από το ολιγάριθμο εκλεκτορικό σώμα του Συμβουλίου. Ο Κ. Χρυσόγονος επισημαίνει ότι η επιλογή αυτή "καταλύει τη δημοκρατική διαδικασία που απορρέει από την αρχή της αυτοδιοίκησης και παραπέμπει σε ιεραρχικού τύπου συστήματα, όπως εκείνα που εφαρμόζονται στις ένοπλες δυνάμεις".
- Η απόλυτη απαγόρευση διορισμού καθηγητή στο Ίδρυμα όπου εκπόνησε σπουδές ή διδακτορικό την τελευταία πενταετία, διότι παραβιάζεται έτσι η αρχή της αναλογικότητας και συνιστά υπέρμετρο περιορισμό του αυτοδιοίκητου και της ελεύθερης ανάπτυξης της προσωπικότητας των υποψηφίων.
- Η σημαντική μισθολογική διαφοροποίηση μεταξύ των καθηγητών που προσφέρουν εργασία ίσης αξίας.
- Το αμάχητο τεκμήριο αυτοδίκαιης διαγραφής φοιτητών που δεν εγγράφονται σε 2 συνεχόμενα εξάμηνα, χωρίς εξαίρεση σε περίπτωση ανωτέρας βίας ή πραγματικού και σοβαρού κωλύματος.
- Η πρόβλεψη σύστασης ΝΠΙΔ για την αξιοποίηση της περιουσίας και των πόρων του ΑΕΙ .
- Το προσχέδιο δεν περιλαμβάνει καμία μεταβατική διάταξη για τα ήδη υπηρετούντα μέλη ΔΕΠ.
Ο Κ. Χρυσόγονος επισημαίνει ότι "το Σύνταγμα δεν επιτάσσει τη δωρεάν διανομή βιβλίων, αλλά ότι, σε περίπτωση ολικής ή μερικής κατάργησής του, το σύστημα αυτό οφείλει να αντικατασταθεί από άλλο ισοδύναμου αποτελέσματος π.χ. δημιουργία βιβλιοθηκών με επαρκή αριθμό βιβλίων και χώρους με συνεχή πρόσβαση των φοιτητών''.
Ο καθηγητής θεωρεί ανεπαρκή τη σχετική διάταξη, αν και κάνει λόγο για βιβλιοθήκες, ενώ υποστηρίζει ότι η υποχρέωση των καθηγητών σε δωρεάν ανάρτηση συγγραμμάτων δημιουργεί ζήτημα παραβίασης των διατάξεων περί πνευματικής ιδιοκτησίας, που κατοχυρώνεται από το Πρώτο Πρόσθετο Πρωτόκολλο της Ευρωπαϊκής Σύμβασης Δικαιωμάτων του Ανθρώπου.
Οι καθηγητές συμφωνούν ότι ειδικά οι διατάξεις που αναφέρονται στο συμβούλιο και στους "διορισμένους πρυτάνεις" προσβάλλουν το αυτοδιοίκητο των Ιδρυμάτων παραβιάζοντας το άρθρο 16 του Συντάγματος.
Είναι χαρακτηριστικό ότι ο Κ. Χρυσόγονος επιμένει στη συγκρότηση των Συμβουλίων Διοίκησης τονίζοντας ότι παρατηρείται αδικαιολόγητος αποκλεισμός μελών της πανεπιστημιακής κοινότητας από τις εκλογές μελών των νέων Συμβουλίων Διοίκησης που προτείνονται. Συγκεκριμένα, αναφέρει: "Οι διατάξεις επιτρέπουν στους αναπληρωτές και επίκουρους καθηγητές να ψηφίσουν για την εκλογή των μελών του Συμβουλίου του Ιδρύματος, εν τούτοις δεν προβλέπεται η δυνατότητα εκλογής τους, καθώς μόνο καθηγητές πλήρους ή πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης μπορούν μόνον να εκλέγονται. Τίθεται έτσι ένας αδικαιολόγητος περιορισμός στην εκπροσώπηση των κατηγοριών αυτών. Η πρόβλεψη μέλους χωρίς ψήφο, το οποίο μάλιστα αποτελεί και τον εκλεγμένο εκπρόσωπο του λοιπού προσωπικού του Ιδρύματος, αποτελεί ένα νομικό παράδοξο, διότι εφόσον δεν έχει δικαίωμα ψήφου δεν έχει νόημα να αποτελεί μέλος του συλλογικού οργάνου".
Ιδιαίτερα για τον πρύτανη που θα επιλέγεται από το Συμβούλιο αλλά και για τους κοσμήτορες, ο καθηγητής τονίζει: "Με το προσχέδιο νόμου ορίζεται ότι τόσο τον πρύτανη όσο και τους κοσμήτορες των Σχολών τους εκλέγει το Συμβούλιο του Ιδρύματος. Όπως έχει ήδη αναφερθεί, εγείρονται μείζονα ζητήματα δημοκρατικής νομιμοποίησης του εν λόγω οργάνου, ώστε να θεωρηθεί πως έχει την εξουσία να προσδιορίζει κατά την αυθαίρετη κρίση του ποιος θα καταλαμβάνει τις θέσεις αυτές και μάλιστα δίχως να τηρείται οποιαδήποτε διαδικασία εκπροσώπησης των μελών της κάθε Σχολής ή του ιδρύματος συνολικά. Άλλωστε, με τον τρόπο αυτό καταργείται η αυτοδιοίκηση στο επίπεδο της Σχολής, αφού ο κοσμήτορας θα διορίζεται από το Συμβούλιο Διοίκησης. Η επιλογή αυτή καταλύει τη δημοκρατική διαδικασία που απορρέει από την αρχή της αυτοδιοίκησης και παραπέμπει σε ιεραρχικού τύπου συστήματα, όπως εκείνα που εφαρμόζονται στις ένοπλες δυνάμεις".
Όμως και η κατάργηση των τμημάτων και η αντικατάστασή τους με τις σχολές, θεωρούν οι καθηγητές ότι έχει κωλύματα: "Η οργανωτική αυτή ανατροπή παραβιάζει τη συνταγματική επιταγή της πλήρους αυτοδιοίκησης των ΑΕΙ στο επίπεδο των επιμέρους σχηματισμών τους. Στο πλαίσιο αυτά θα πρέπει να κριθεί ως αντίθετη στην αρχή της αυτοδιοίκησης των ΑΕΙ η πρόβλεψη ότι το πρόγραμμα σπουδών του κάθε Προγράμματος Σπουδών (εδώ με την έννοια του παλιού Τμήματος) εγκρίνεται με απόφαση της (διορισμένης) Κοσμητείας της Σχολής". Επίσης, ενστάσεις υπάρχουν για τα πανεπιστημιακά συγγράμματα η δωρεάν διανομή των οποίων σταματά έπειτα από λίγα χρόνια. Συγκεκριμένα, αναφέρεται: "Δεν καλύπτεται το αίτημα για δωρεάν παιδεία με τις διατάξεις για την κατάργηση της διανομής των πανεπιστημιακών συγγραμμάτων καθώς οι νέες διατάξεις που αναφέρονται στην υποστήριξη των πανεπιστημιακών βιβλιοθηκών είναι ασαφείς".
Και οι καθηγητές Νομικής Σχολής, Γ. Γεραπετρίτης και Σπυρ. Βλαχόπουλος, αναφέρουν ότι δημιουργούν σοβαρά συνταγματικά κωλύματα οι διατάξεις για την εκλογή των εξωτερικών μελών των νέων Συμβουλίων, η επιλογή τους από ολιγάριθμο εκλεκτορικό σώμα, η δυνατότητα επιλογής πρύτανη που δεν θα προέρχεται από το Ίδρυμα στο οποίο γίνονται οι εκλογές, η δυνατότητα ανανέωσης της θητείας του από το Συμβούλιο χωρίς προκήρυξη ή εκλογή, η απαγόρευση διορισμού καθηγητή στο Ίδρυμα στο οποίο σπούδασε ή έκανε το διδακτορικό του την τελευταία πενταετία, η μισθολογική διαφοροποίηση μεταξύ καθηγητών πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης και καθηγητών πλήρους απασχόλησης.
Ο καθηγητής Δημοσίου Δικαίου, Χ. Ανθόπουλος, σημειώνει για το Συμβούλιο ότι "Συμμετοχή εξωτερικών μελών, αλλά σε μικρότερο από το προβλεπόμενο στο προσχέδιο ποσοστό, θα μπορούσε κατ' εξαίρεση να γίνει συνταγματικώς δεκτή, αν το Συμβούλιο του Ιδρύματος είχε μόνο γνωμοδοτικές ή τεχνικές, οικονομικο-διαχειριστικές αρμοδιότητες''.
